医学研究证明，人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久之人体肠道便会产生依赖性，医学上称之为“益生菌依赖症”。而人体一旦患上“益生菌依赖症”，终生都将依靠和使用人工合成的口服益生菌产品来维持生命的健康状态。
此外，益生菌的过度使用还可能成为孕育“超级病菌”的新温床。由于许多乳酸菌对抗生素具有多重抗药性，通过与病原菌的共同生活、接触，很可能将自身携带的抗药性基因传递给病原菌，使之获得抗药性而成为“超级病菌”，导致感染时可能无药可医。其他可能的副作用还包括影响醣类与脂肪的代谢功能以及免疫功能失调等等。
母乳喂养，可产生更多益生菌
想刺激小儿体内产生更多的益生菌，最好的方式就是母乳喂养。母乳喂养是一个有菌喂养的过程，因为乳房的乳管中含有正常的益生菌群，通过母乳喂养可以将正常菌群传给孩子，让孩子尽早建立肠道的正常菌群。
