《办法》指出，申请人应当如实提交有关材料，反映真实情况，对申请材料内容的真实性负责，并承担法律责任。相关申请人隐瞒有关情况或者提供虚假材料申请新食品原料许可的,国家卫生计生委不予受理或者不予许可,并给予警告,且申请人在一年内不得再次申请该新食品原料许可。以欺骗、贿赂等不正当手段通过新食品原料安全性评估材料审查并取得许可的，国家卫生计生委将予以撤销许可。
《办法》修改了新食品原料定义、范围，将“新资源食品”修改为“新食品原料”。指出，新食品原料是指在中国无传统食用习惯的动物、植物和微生物;从动物、植物和微生物中分离的成分；原有结构发生改变的食品成分；其他新研制的食品原料。“新食品原料应当具有食品原料的特性，符合应当有的营养要求,且无毒、无害,对人体健康不造成任何急性、亚急性、慢性或者其他潜在性危害。”
《办法》增加了新食品原料受理后即向社会征求意见的程序，补充并完善了新食品原料现场核查要求。指出，审查过程中需要对生产工艺进行现场核查的，可以组织专家对新食品原料研制及生产现场进行核查，并出具现场核查意见，专家对出具的现场核查意见承担责任。省级卫生监督机构应当予以配合。参加现场核查的专家不参与该产品安全性评估材料的审查表决。
此外，《办法》还明确指出，新食品原料不包括转基因食品、保健食品、食品添加剂新品种。转基因食品、保健食品、食品添加剂新品种的管理依照国家有关法律法规执行，并增加了新食品原料受理后即向社会征求意见的程序的内容。《办法》自2013年10月1日起施行，届时原卫生部2007年12月1日公布的《新资源食品管理办法》同时废止。
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